孔子學院由中華人民共和國（中國）發起創立。其孔子學院總部理事會主席、副主席、常務理事等由中國政府部長及官員擔任，同時均為中國共產黨（中共）高級官員。

與其他國家語言推廣機構的獨立辦學不同，孔子學院掛靠在外國大學的某個科系，利用大學的現有體系、教學場所、設施、學生以及與社會的聯繫，將自身植入外國大學校園內成為其一部分。

通過簡稱“國家漢辦”的國家漢語國際推廣領導小組辦公室，中國政府直接管理全球孔子學院，為其提供辦學經費、師資及教材。孔院中方院長、教師及志願者均由漢辦選拔培訓。

漢辦在孔子學院招聘條款中明確規定，志願者教師不得習練法輪功或參加法輪功活動，應聘人員將接受政治思想審查。

孔子及其儒家思想曾在文革期間受到中共大力批判。現今，中國政府以孔子來命名該漢語教學機構。

孔子學院只教授經大陸改造的簡體漢字。而香港、澳門、台灣，及海外多數華人均使用傳統的正體漢字。

孔子學院是中國政府及中共政權在海外的重要宣傳工具，以及對外輸出軟實力的重要工具，利用文化粉飾中國政府及中共政權在國際社會的形象，影響國際社會。

孔子學院採取植入外國校園的模式，中國政府得以深入影響外國大學有關中國的教學及研究，使其有利於中國政府。同時孔院也成為中國情報機構的前哨，肩負收集信息，監控海外華人的任務。

大學的學術自主及學術自由受到侵害，因為孔子學院的教師、教材、課程均由漢辦篩選決定。同時，某些被中國政府視為禁忌的話題很難在孔子學院被提及，並可能進一步在校園範圍內被過濾。

孔子學院公開歧視法輪功並過濾政治意見人士的做法，侵犯人權，違反西方社會的法律、法規及價值觀。

孔子學院與孔子或儒家思想毫無關係。中共是利用孔子的名號，吸引欺騙世人，以達到自己的政治目的。

簡體漢字限制學生只能接觸中國政府監控及影響的資料及信息，無法理解中國大陸以外中文資料及信息。